こんにちは。

立替経費を精算した場合、
会計ソフトに入力する日付はいつにしたら良いでしょうか?

基本は、精算した日です。
精算した日にしないと、
バックデートで会計ソフトに入力することとなり、
合わせていたはずの現金などの残高がズレてしまいます。
仕訳は「経費/現金」ですね。

決算の時は、決算整理仕訳として、
「経費/未払金」
を計上します。

もちろん、期中も未払金を計上して構いません。
1. 経費/未払金(使った時)
2. 未払金/現金(精算した時)
これが本来の形ですね。
未払金を計上するには、ソフトの活用が便利でしょう。

BS科目である現金などの残高、
こちらを正確にしておくことが大事ですヨ。