こんにちは。

非居住者に対する課税関係(「平成29年版 源泉徴収のあらまし」より)を見ると
(1)総合課税
(2)源泉徴収の上、総合課税
(3)源泉分離課税
(4)課税対象外
と4つに区分されています。

(2)源泉徴収の上、総合課税

(3)源泉分離課税
は異なります。

(2)源泉徴収の上、総合課税
は、収入をもらう時に所得税が天引きされ、
確定申告を行うことで所得税を精算します。

(3)源泉分離課税
は、収入をもらう時に所得税が天引きされ、
確定申告は行わず所得税の納税が完結します。

 

参考:所得税法
(総合課税に係る所得税の課税標準、税額等の計算)
第百六十五条  前条第一項各号に掲げる非居住者の当該各号に定める国内源泉所得について課する所得税(以下この節において「総合課税に係る所得税」という。)の課税標準及び所得税の額は、当該各号に定める国内源泉所得について、別段の定めがあるものを除き、前編第一章から第四章まで(居住者に係る所得税の課税標準、税額等の計算)(第四十四条の三(減額された外国所得税額の総収入金額不算入等)、第四十六条(所得税額から控除する外国税額の必要経費不算入)、第六十条の四(外国転出時課税の規定の適用を受けた場合の譲渡所得等の特例)、第七十三条から第七十七条まで(医療費控除等)、第七十九条(障害者控除)、第八十一条から第八十五条まで(寡婦(寡夫)控除等)、第九十五条(外国税額控除)及び第九十五条の二(国外転出をする場合の譲渡所得等の特例に係る外国税額控除の特例)を除く。)の規定に準じて計算した金額とする。

(分離課税に係る所得税の課税標準)
第百六十九条  第百六十四条第二項各号(非居住者に対する課税の方法)に掲げる非居住者の当該各号に定める国内源泉所得については、他の所得と区分して所得税を課するものとし、その所得税の課税標準は、その支払を受けるべき当該国内源泉所得の金額(次の各号に掲げる国内源泉所得については、当該各号に定める金額)とする。