こんにちは。

非上場会社の株主である個人が、
その会社の株式を発行した非上場会社に売りました。
そのときの元株主である個人の所得税はどうなるかというと
次の2つに分けて考えます。

（１）みなし配当
・配当所得（総合課税）

（２）株式の譲渡損益
・株式等にかかる譲渡所得等（申告分離課税）
・上場株式等の譲渡損益の通算不可

お金が「みなし配当分」「株式譲渡損益分」と色分けされている訳ではありませんよね。
ですから、全部合わせて考えがちです。
別々に考えましょう。